وقتی نامه‌ی امام به دست محمد رسید، در پاسخ نامه‌ی آن حضرت چنین نگاشت:
نامه‌ی امیرمؤمنان به دست من رسید و از محتوای آن آگاه شدم. کسی نسبت به دشمنان امیر مؤمنان سختگیرتر و بر دوستانش مهربانتر از من نیست. من در بیرون شهر اردو زدهام و به همهی مردم امان دادهام، به جز کسانی که با ما از در جنگ درآمدهاند و به دشمنی با ما تظاهر کردهاند. در هر حال، من پیرو امیرمؤمنانم.(1)
1) همان، ج 1، ص 269.
در پرتو عنایت خداوند متعال و توجهات حضرت ولیعصر (عج) و پیرو تاکید مقام معظم رهبری بر تلاش در عرصه نوسازی و اعتلای پژوهش‌های دینی و اسلامی با حداکثر استفاده از روش‌ها و ابزارهای جدید به امر مرجع عالیقدر حضرت آیه الله العظمی مظاهری دامت برکاته در آذرماه سال ۱۳۷۷ تاسیس شده است.
تا کنون گام‌های موثر و چشمگیری در راستای پیشبرد و اعتلای پژوهش‌های اسلامی برداشته که علاوه بر تولید ده‌ها نرم‌افزار دینی، به تحقیق و انتشار کتب مفیدی دست زده است که تاثیر این تحول بنیادی مورد توجه و قبول عالمان، محققان و اندیشمندان جامعه اسلامی قرار گرفته است و تاکنون توانسته رتبه‌های متعددی از جمله خادم قرآن کریم (۱۳۸۴) و خادم فرهنگ عمومی (۱۳۸۶) کسب نماید.
