شهادت کنانة بن بشر بر جرأت ارتش شام افزود و همگی بر آن شدند که به پیشروی خود ادامه دهند و به سوی اردوگاه محمد بن ابیبکر بروند. وقتی به اردوگاه او رسیدند یاران او را متفرق یافتند و او نیز سرگردان بود تا سرانجام به ویرانهای پناه برد. معاویه بن حدیج از جایگاه محمد آگاه شد و او را در خرابه دستگیر کرد و از
آن جا بیرون آورد و به منطقهای بنام فسطاط که مرکز سپاه عمرو بود، منتقل کرد در حالی که نزدیک بود از عطش از پای درآید.
عبدالرحمان بن ابیبکر برادر محمد در سپاه عمرو بود. فریاد کشید: من اجازه نمیدهم برادرم را این گونه بکشید. و از عمرو عاص درخواست کرد که به فرماندهی سپاهش معاویة بن حدیج دستور دهد که از قتل او صرف نظر کند. عمرو عاص نمایندهی خود را به سوی ابنحدیج فرستاد که محمد را زنده تحویل دهد ولی فرزند حدیج گفت: کنانة بن بشر که پسر عموی من بود کشته شد؛ محمد نیز نباید زنده بماند. محمد که از سرنوشت خود آگاه شد درخواست کرد که به او آب بدهند، ولی فرزند حدیج، به بهانهی اینکه عثمان هم تشنه کشته شد، از دادن آب خودداری کرد.
در این میان فرزند حدیج سخنان زشتی نثار محمد کرد که از نوشتن آن صرف نظر میکنیم و در پایان گفت: من جسد تو را در شکم این الاغ مرده قرار میدهم و با آتش میسوزانم. محمد در پاسخ گفت: شما دشمنان خدا کراراً با اولیاء خدا چنین معاملهای انجام دادهاید. من امیدوارم که خدا این آتش را برای من همچون آتش ابراهیم سرد و عافیت قرار دهد و آن را وبالی بر تو و دوستانت سازد، و خدا تو را و پیشوایت معاویة بن ابیسفیان و عمرو عاص را به آتشی بسوزاند که هرگاه بخواهد خاموش شود شعلهورتر گردد. سرانجام معاویة بن حدیج به خشم آمد و محمد را گردن زد و او را در شکم الاغ مردهای قرار داد و به آتش سوزانید.
خبر شهادت محمد دو نفر را بیش از همه متأثر کرد: یکی خواهرش عایشه بود که به وضع او سخت گریست. او در پایان هر نماز معاویة بن ابیسفیان و عمرو عاص و معاویة بن حدیج را نفرین میکرد. عایشه سرپرستی عیال برادر و فرزند او را به عهده گرفت و فرزند محمد بن ابیبکر به نام قاسم تحت کفالت او بزرگ شد. و دیگری اسماء بنت عمیس بود که مدتی افتخار همسری جعفر بن ابیطالب را داشت و پس از شهادت جعفر به ازدواج ابوبکر درآمد و از او محمد متولد شد و پس
از در گذشت ابوبکر با علی -علیهالسلام- ازدواج کرد و از او فرزندی به وجود آمد به نام یحیی. این مادر وقتی از سرنوشت فرزند خود آگاه شد سخت متأثر گردید ولی خشم خود را فرو برد و به جایگاه نماز رفت و بر قاتلان او نفرین کرد و سرانجام به خونریزی شدیدی مبتلا گشت.
عمرو عاص در نامهای به معاویه از شهادت آن دو نفر خبر داد و همچون همهی سیاستبازان، که به یکدیگر دروغ میگویند، خود را محق جلوهگر ساخت و گفت: ما آنان را به کتاب و سنت دعوت کردیم، ولی آنان با حق مخالفت کردند و در ضلالت خود باقی ماندند. سرانجام نبرد بین ما و ایشان درگرفت. ما از خدا مدد خواستیم و خدا بر چهرهها و پشتهای آنها زد و آنها را دست بسته تسلیم ما ساخت.